간접 요율(보조금 가치의 백분율로 간접 비용에 지불한 금액)은 평균 약 30%인 반면, 많은 대학에서는 간접 비용 요율이 50%를 넘었습니다. 트럼프 행정부의 계획에 따라 소급 적용되는 15% 비율이 갑자기 예상치 않게 떨어지면 주요 연구 대학에 심각한 재정 문제가 발생할 수 있습니다.
지방법원의 초기 판결은 이러한 변화가 여러 면에서 법적으로 문제가 있다고 판단했습니다. 어떠한 통지나 의견도 없이 발행되어 행정절차법을 위반했으며, 특히 대체되는 시스템에 비해 낮은 정액 요금이 자의적이고 변덕스러운 것으로 밝혀졌습니다. 판결은 새로운 정책이 보건복지부 내의 기존 절차도 위반했다고 결정했습니다.
그러나 세 명의 판사로 구성된 항소법원 패널은 의회가 이미 이 조치를 정확히 금지했기 때문에 이러한 문제를 모두 고려할 필요조차 없다고 만장일치로 결정했습니다. 2017년에 첫 번째 트럼프 행정부도 모든 간접 비용을 동일하고 낮은 정액 요금으로 설정하려고 시도했으며 의회는 NIH 간접비 정책 변경을 차단하는 예산 합의에 특약을 추가하는 방식으로 대응했습니다. 의회는 그 이후로 계속해서 해당 라이더를 갱신해 왔습니다.
새로운 정책을 주장하면서 정부는 이를 의회의 금지 사항과 일치하는 것으로 제시하려고 했습니다. 승객은 간접비를 계산하는 일반적인 방법에 대해 몇 가지 예외를 허용했지만 이는 극히 제한적이었습니다. NIH는 이러한 예외가 대학에 발행된 모든 단일 보조금을 포함할 수 있다고 주장하려고 했는데, 법원은 이것이 의회가 정한 한도와 분명히 일치하지 않는다고 판단했습니다.
법원은 또한 발표된 바와 같이 수혜자가 대학에 있는지 여부에 관계없이 모든 보조금에 NIH 정책이 적용된다는 점을 지적했습니다. 이는 나중에 "부숙한 언어"의 결과라고 주장했습니다. 그러나 판사들은 "물론 우리는 NIH가 원하는 바를 지지하기 위해 보충 지침이 실제로 말하는 것을 무시할 수 없다"며 정책을 수정하기에는 다소 늦었다고 썼습니다.